與自然科學基金委員會合作議題：

• 2008 年地震
  • 2008 地震補助名單
• 2009 年豪雨颱風
  • 2009 暴雨颱風補助名單
• 2010 年生物多樣性
  • 2010 生物多樣性補助名單
• 2011 年光電材料
  • 2011 光電材料補助名單
• 2012 年熱帶醫學
  • 2012 熱帶醫學補助名單
• 2013 年光電生醫
  • 2013 光電生醫補助名單
• 2014 年水產生物資源
  • 2014 年水產生物資源補助名單
• 2014 年地震、豪雨颱風延續合作研究
  • 兩岸地震、氣象科學共同議題研究-「地震」、「豪雨與颱風」延續合作研究計畫徵求說明
• 2015 年老齡化社會研究
  • 2015 年『應對老齡社會之研究』專案計畫徵求公告
  • 2015 老齡社會化研究補助名單
• 2015 年生物多樣性延續合作研究
• 2015 兩岸生物多樣性延續性合作研究
• 2016 年天文合作研究
  • 2016 年兩岸天文合作研究計畫徵求公告
    (相關資訊請見台灣科技部公告網址)
  • 2016 年天文合作研究補助名單
• 2017 年智慧輔助科技領域
  • 2017 年海峽兩岸智慧輔助科技領域合作研究計畫徵求公告
    台灣 - 科技部公告 (相關資訊請見台灣科技部公告網址)
    大陸 - 國家自然科學基金委員會公告

與大陸科技部合作議題：

• 2015 年食品安全
• 2014 年『兩岸食品安全合作研究』專案計畫徵求公告
• 2015 食品安全研究補助名單
• 2016 年防災科技
  • 2016 年『防災科技應用』專案計畫徵求公告
    (相關資訊請見台灣科技部公告網址)
  • 2016 年防災科技補助名單
• 2017年生態農業技術領域
  • 2017 年海峽兩岸生態農業技術領域合作研究計畫徵求公告
    台灣 - 科技部公告 (相關資訊請見台灣科技部公告網址)
    大陸 - 科技部公告 (相關資訊請見大陸科技部公告網址)